當扁桃體反復受感染成為一病灶后，使機體不斷地遭受到由病灶釋放出來的外來細菌性異體抗原刺激，產(chǎn)生異性抗體。同時肌體亦受到病灶中，原來存在的致病菌及具有抗原作用的各種分解產(chǎn)物自體抗原的刺激，產(chǎn)生自身抗體。這些抗原抗體復合物先以可溶形式運行于血液循環(huán)中，以后沉淀在被侵襲器官的終末血管區(qū)域，并誘發(fā)炎性反應，形成并發(fā)病。

1、局部并發(fā)癥：炎癥直接波及鄰近組織，導致扁桃體周圍炎、周圍膿腫，也可引起急性中耳炎、急性鼻炎及鼻竇炎、急性喉炎、急性淋巴結炎、咽旁膿腫等。

2、全身并發(fā)癥：急性扁桃體炎可引起全身各系統(tǒng)許多疾病，常見者有急性風濕熱、急性關節(jié)炎、急性骨髓炎、心肌炎及急性腎炎等，其發(fā)病機制尚在探討。

3、急性扁桃體炎的并發(fā)病有：急性關節(jié)炎、風濕熱、心包炎、心內(nèi)膜炎、心肌炎、急性腎炎、膿毒血癥、扁桃體周圍膿腫、咽后膿腫、中耳炎、急性鼻炎、鼻竇炎、喉炎、支氣管炎、肺炎等。

4、慢性扁桃體炎的并發(fā)病有：風濕性關節(jié)炎、風濕熱、心臟病、腎炎、長期低熱。此外，已有慢性炎癥的扁桃體也是外界細菌侵入機體的門戶，促使發(fā)生各種疾病或使原有疾病加重。兒童時期慢性扁桃體炎的反復發(fā)作，不但引起并發(fā)病的機會甚多，且可影響身體發(fā)育，致使兒童身體瘦弱、矮小。故當扁桃體炎反復發(fā)作時切不可大意。